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O Arquipélago inclui ainda pequenas ilhas desabitadas à distância de uma viagem de barco: as Ilhas Desertas (a cerca de 8 horas) e as Ilhas Selvagens (a aproximadamente 12 horas). As primeiras constituem uma Reserva Biogenética desde 1992, estatuto concedido pelo Conselho da Europa devido à presença de mamíferos marinhos únicos. O último reduto da foca monge (Monachus monachus), a foca mais rara do mundo, fica situado a cerca de 22 milhas a Sudeste do Funchal.

Nesta reserva foram impostas algumas restrições para a preservação da vida selvagem, como a proibição da prática de pesca submarina e da navegação na parte Sul. Para fundear ou visitar as Ilhas Desertas é necessária uma autorização prévia do Parque Natural da Madeira. As ilhas Selvagens, consideradas como um “santuário ornitológico” pelo elevado número de espécies de aves marinhas que ali nidificam, estão localizadas a 180 milhas da Madeira.

Constituídas por dois grupos de pequenas ilhas, a Selvagem Grande e a Selvagem Pequena, detêm o estatuto de Reserva Natural desde 1971, o que faz deste sub arquipélago uma das mais antigas reservas portuguesas.